В 1994 г. на учредительном Меджлисе мусульманских религиозных объединений и общин Европейской части России Равиль Гайнутдин избирается муфтием, а также председателем Духовного управления мусульман Центрально-Европейского региона, преобразованного в 1998 г. в Духовное управление мусульман Европейской части России. В 1996 г. на 1-ом Меджлисе руководителей Духовных управлений мусульман России Муфтий Шейх Равиль Гайнутдин был избран председателем Совета муфтиев России. 25 ноября 2014 года Министерство юстиции России выдало свидетельство о регистрации централизованной религиозной организации Духовное управление мусульман Российской Федерации. По решению делегатов VI Меджлиса-Съезда, прошедшего 21 сентября 2014 года в Москве, Духовное управление мусульман Европейской части России было переименовано в Духовное управление мусульман Российской Федерации. Факт переименования получил официальное признание в виде свидетельства о государственной регистрации.

Шейх Равиль Гайнутдин - кандидат философских наук, автор многих научных трудов по мусульманскому богословию, мусульманской догматике и праву. Он является профессором Московского исламского университета, академиком Международной Академии наук Евразии, Международной Славянской Академии по науке, образованию, культуре и религии, Международной Академии информатизации.

Муфтий Равиль Гайнутдин является членом Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации, членом Президиума и сопредседателем Межрелигиозного Совета России. В своих проповедях и повседневной религиозной деятельности последовательно отстаивает идеи цивилизованного межконфессионального диалога и братского сотрудничества между всеми народами, выступает с активной миротворческой позицией за установление гражданского мира и согласия в обществе. Он является подписантом Договора "Об общественном согласии», предложенным Президентом Российской Федерации.

В 1997 году под патронатом Мэра Москвы Ю.М.Лужкова и Муфтия Шейха Равиля Гайнутдина было завершено строительство в Москве на Поклонной горе Мемориальной мечети «Шухада» (Память) в честь павших воинов мусульман в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг., ставшей заметной вехой в духовной и культурной жизни российских мусульман и одной из жемчужин культовой архитектуры Столицы. В 1998 году Муфтий Равиль Гайнутдин стал одним из главных учредителей Межрелигиозного Совета России, куда вошли все Главы традиционных конфессий Российской Федерации. Он является одним из инициаторов и Сопредседателем Оргкомитета по проведению Второго Миротворческого Форума по взаимодействию традиционных религий и культур, который состоится в Москве 2-3 марта 2004 года в Свято-Даниловом монастыре и проводился при благожелательном участии Патриарха Всея Руси Алексия II по инициативе Межрелигиозного Совета России, Глав религиозных конфессий стран СНГ.

Муфтий Равиль Гайнутдин является автором концептуальной идеи разработки и руководителем творческого коллектива ученых-создателей фундаментального труда - «Основные положения социальной программы российских мусульман», ставшего базисной программой взаимоотношений мусульман с обществом и светским государством по ряду важнейших социальных проблем, который вышел в свет в 2001 году и сразу получил самый положительный резонанс и одобрение не только среди российской общественности, но и за рубежом.

В 2001 Муфтий Равиль Гайнутдин закончил Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации по специализации «Государственное и муниципальное управление», а в 2003 году на кафедре религиоведения РАГС им была защищена научная диссертацию на тему: «Ислам в России (опыт философского анализа)».

Муфтий Равиль Гайнутдин за большой вклад в дело укрепления межконфессионального мира и согласия, национального единства и духовного возрождения народов нашей страны был награжден государственными наградами Российской Федерации, в том числе: Орденом Дружбы (1997г), Орденом Почета (2004 г), а также государственной наградой Республики Казахстан: Юбилейной медалью «10 лет городу Астана», Орденом республики Ингушетия «За Заслуги», в 2006 году награжден почетным знаком «Общественное признание» - за укрепление межконфессионального мира, в феврале 2007 года Золотой медалью Российского фонда мира, в марте 2008 года высшей общественной наградой «Гордость России», в 2009 году наградой Союза общественных объединений «Российская нация» общенациональным общественным Орденом «Российская нация», в марте 2012 года Медалью «20-летие Независимости Республики Казахстан» от имени руководства Республики Казахстан, в августе 2012 года высшей наградой Республики Татарстан – Орденом «За заслуги перед Республикой Татарстан» и высшей наградой мусульман России  - орденом почета «Аль-Фахр», в сентябре 2014 года медалью «Совет Федерации. 20 лет» Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации.

В августе 2009 года получил Благодарность Мэра Москвы «За большой вклад в укрепление межконфессиональого мира и согласия.

11 августа 2009 года Президент России Дмитрий Медведев подписал указ о награждении Орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.

21 августа 2009 Указом Президента РТ № УП 443 года награжден медалью Республики Татарстан «За доблестный труд».

23 марта 2015 года Указом Президента Российской Федерации Владимира Путина присвоен орден "За заслуги перед Отечеством" III степени.

14 апреля 2015 года президент Государства Палестина Махмуд Аббас вручил высший Палестинский орден «Звезда Иерусалима».