Ядром Духовного управления мусульман Сибири (Омского муфтията) в период становления новых централизованных мусульманских структур в конце 90-х годов 20 века стала мусульманская религиозная организация Томской области, зарегистрированная в 1991 году при Белой мечети Томска, переданной мусульманам города в 1990 году.

В начале 90-х годов все мусульмане области были объединены в данную организацию, имамами которой в первой половине девяностых служили Хаджигали Акбаров и Низамутдин Жумаев.

В 1996 году МРО Томской области возглавил Нурулла Калыкахунов, направленный в Томск главой Омского муфтията Зулькарнаем Шакирзяновым.

В 2009 году Калыкахунов назначается указом главы ДУМ Сибири муфтием Томской области в системе Омского муфтията.

Резиденция ДУМС по Томской области находится при Белой мечети на улице Московский тракт, 43. В состав его входят общины города Северск, сел и деревень Тахтамышево, Черная речка (вторая мусульманская община села), Барабинка, Кафтанчиково, Воронино.