Духовное управление мусульман Иркутской области «Байкальский муфтият» под руководством муфтия Фарита Мингалеева получило официальную регистрацию 12 мая 2006 года. Новое централизованное управление образовалось на базе ликвидированного Байкальского казыята ДУМАЧР.

Процесс выхода Казыятского управления мусульман Иркутской области из состава Духовного управления мусульман Азиатской части России и смены названия происходил в течение 2005 года и был вызван расколом в общине Иркутской соборной мечети, попыткой ряда активистов общины сместить с должности имама Иркутской мечети Фарита Мингалеева, являвшегося также главой Байкальского казыята. В противостоянии сторон региональная власть приняла сторону действующего имама.

Резиденция муфтия ДУМ Иркутской области Фарита Мингалеева находится при исторической соборной мечети города по адресу: г. Иркутск, ул. Карла Либкнехта, 86. В состав Байкальского муфтията входят все мусульманские организации Иркутской области за исключением общины «Ислам» города Братск, которая предпочла остаться с составе ДУМАЧР.

Байкальский муфтият является независимой региональной организацией, не входит ни в одну из общероссийских мусульманских структур.